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それぞれの言語や技術も大切ですが、会社として経営も一つの技術だと思われるので、
IT技術を絡めて経営のメモを記載していきます。

現実の取引について大きく流れを書けば下記になります。

見積もり->制作（もしくは販売）->納品->請求->入金確認
見積もり->注文->納品(検品）->支払い

実務とすればそれぞれ書類を送付します。

見積書->制作（もしくは販売）->納品書->請求書->入金確認チェック
見積書->注文書->納品(検品）->支払い作業

勿論、それぞれ細かくありますが、いずれにしても上記をシステムで補なう事にします。
別に会計ソフトを買えばいい事ですが、ブラウザ上で作業と確認が取れたほうが何かと都合いいです。
なにより自分の業務形態に合わせる事ができますし。